نکته اول: آلودگی (Contamination)

همیشه باید به آلودگی فکر کنید چراکه هم روی روش (مثلاً نتایج ضعیف ناشی از کاهش سیگنال Signal suppression) و هم روی دستگاه (مانند اجزای غیر فرار که منبع یونی را آلوده می‌کنند) تأثیر می‌گذارد.

یکی از راه های کاهش آلودگی استفاده از Divert Valve است. این شیر ساده که بین HPLC و سیستم های MS نصب می شود، به شما این امکان را می دهد که فقط ترکیبات مورد نظر را به MS وارد کنید و از ورود بخش ناخواسته نمونه مثل ماتریس جلوگیری کنید. در واقع بخش هایی از نمونه تزریق شده را قبل از اینکه وارد طیف سنج جرمی شود حذف  می کنید. این امر به ویژه برای بخشی که حاوی اجزای بازداری نشده و غیرفرار است که منبع یونی را آلوده می کند، بسیار مهم است.

هر چیزی که به سیستم HPLC تزریق می کنید برای ایجاد آلودگی وارد طیف سنج جرمی می شود. نکته ارزشمند دیگر این است که با انجام آماده سازی نمونه کافی برای نمونه های خود سعی کنید تا حد امکان از ورود آلودگی به LC-MS جلوگیری کنید. فیلتراسیون ساده ممکن است برای نمونه های نسبتاً تمیز کافی باشد. اما، برای نمونه‌های پیچیده روش‌های قوی‌تری برای حذف آلاینده‌های محلول مورد نیاز است مانند استخراج فاز جامد (SPE).

نکته دوم: فاز متحرک فرار

کنترل pH در LC-MS حیاتی است، از این رو، ضروری است که فاز متحرک شما حاوی اجزایی باشد که pH را کنترل می کنند. 

حداقل از یک اسید فرار (0.1٪ اسید فرمیک) یا یک باز (0.1٪ آمونیوم هیدروکسی، اگر ستون با pH بالا سازگار است) استفاده کنید یا در حالت ایده آل از یک بافر (10 میلی مولار فرمات آمونیوم) تنظیم شده با pH مشخص (2.8 یا 8.2) استفاده کنید.

هر افزودنی ای که استفاده می شود باید فرار باشد تا از آلودگی منبع یونی جلوگیری شود (مثلاً از بافرهای فرمات یا استات و نه از فسفات استفاده کنید). برخی از افزودنی ها باعث کاهش سیگنال می شوند، مانند تری فلورواستیک اسید. فرمیک اسید می‌تواند جایگزین خوبی باشد. علاوه بر این، تمام مواد افزودنی ها در آناليزهای LC-MS یا LC-MS/MS باید از بالاترین خلوص ممکن برخوردار باشند.

نکته سوم: روش کنترلی

یک روش کنترلی داشته باشید و زمانی که دستگاه بدون مشکل کار می کند داده تولید کنید. این رویکرد برای عیب یابی ضروری است و باید اولین قدم شما در هنگام بروز مشکل باشد. پنج تزریق تکراری از یک ترکیب مرجع، که می تواند برای ارزیابی پارامترهایی مانند زمان بازداری، تکرارپذیری، یا ارتفاع پیک استفاده شود، ایده آل است. با بروز اولین نشانه از مشکل، روش کنترلی را اجرا کنید. اگر این روش جواب داد، مشکل مربوط به روش یا نمونه های شماست نه دستگاه. اما اگر روش کنترلی کار نمی کند، مشکل از سیستم است.