ستون های کروماتوگرافی مایع در HPLC به گونه ای طراحی شده اند که فشارهای بالایی را که برای جداسازی کارآمد لازم است، تحمل کنند.

برهمکنش های شیمیایی بین فاز ساکن و اجزای نمونه باعث می شود که اجزا با سرعت های متفاوت در ستون HPLC حرکت کنند، و جداسازی اتفاق افتد. ستون تجزیه ای در HPLC به عنوان قلب سیستم کروماتوگرافی عمل می کند.

ستون های HPLC در ابعاد و اندازه های ذرات متفاوت ساخته می شوند که نیازهای آنالیزی ترکیبات با ماهیت متفاوت را برآورده می کنند.